北海道登別市登別港町にある駅。市名を冠する駅だが、市の中心駅は2つ隣の幌別駅であり、利用客も幌別駅の方が多い。一方、当駅は登別温泉への玄関口となる駅であり、観光客の利用が多い。直営駅で、みどりの窓口が設けられているほか、「話せる券売機」も設置されている。駅舎内には観光案内所が併設されている。
ホームは国鉄型2面3線の構造。中線の2番線は、函館方面専用の待避線となっている。また、札幌方面専用の待避線が1・2番線の間にあるが、ホームに面しておらず貨物列車専用となっている。
駅周辺は登別市登別地区となっており、住宅街が広がっている。スーパーやコンビニなどの店舗も点在している。
駅前にはロータリーが設けられている。路線バスの乗り場があり、登別温泉、室蘭、苫小牧方面の路線バスが発着している。