北海道余市郡余市町黒川町5丁目にある駅。余市町の代表駅。函館本線の「山線」区間の中間駅では最も利用者が多い。駅員が配置されており、みどりの窓口も設けられている。
駅舎には、観光案内所、バス案内所、売店が併設されている。
ホーム構造は2面3線。3番線はおもに当駅折り返し列車が使用する。
駅前にはロータリーが設けられている。バス停留場があり、小樽・札幌方面や、後志振興局内の各所へ向かうバスが発着している。
駅周辺は市街地となっており、駅付近を南北に走る国道228号沿いには商店も多い。駅から200mほど西へ行くと、観光スポットとしても有名なニッカウヰスキー余市蒸溜所がある。