京阪線（大津線除く）の列車番号は英字1桁＋数字4桁＋英字1桁の合計6桁で表される。
（例） B1004Z （10:20に淀屋橋を発車する出町柳ゆき特急）
二つある英字のうち、頭のほうは種別、尻のほうは行き先を表す（後述）。
そのあいだの数字は、上2桁と下2桁に分けて考える。上2桁は始発駅の時間帯を表す（例の場合、淀屋橋を10時台に発車するので「10」となる）。下2桁は上りは偶数（00、02、04、……）、下りは奇数（01、03、05、……）で付番され、同じ種別・“時台”の中で始発駅を発車する順序を表す（例の場合、10時台の上り特急のうち3番目に始発駅を出るので、偶数で3番目の「04」が付与されている）。
数字の下2桁について、臨時列車は50、交野線直通列車（おりひめ、ひこぼし）は80から付番を始める。
交野線直通列車は枚方市駅で上り・下りが逆転するので、本線の上下を基準として数字を定める。
| 英字 | 種別 |
|---|---|
| A | 快速特急 |
| B | 特急 |
| C | 通勤快急 |
| D | 快速急行 |
| E | 深夜急行 |
| F | 急行（淀発着でないもの） |
| G | 急行（淀発着のもの） |
| H | |
| I | |
| J | 通勤準急（中書島以北の駅を発着するもの） |
| K | 準急（中書島以北の駅を発着するもの） |
| L | 通勤準急（淀以南のみで運行されるもの） |
| M | 準急（淀以南のみで運行されるもの） |
| N | 区間急行（守口市〜京橋間で緩行線を走るもの） |
| O | |
| P | 区間急行（守口市〜京橋間で急行線を走るもの） |
| Q | 普通（淀をまたいで運転されるもの） |
| R | 普通（淀以南のみで運転されるもの） |
| S | 普通（淀以北のみで運転されるもの） |
| T | 普通（交野線内） |
| U | 普通（京都方から宇治線へ直通するもの） |
| V | 普通（宇治線内） |
| W | |
| X | 臨時・団体専用 |
| Y | 回送 |
| Z | 試運転 |
由来は一部推測が含まれている。
| 英字 | 種別 | 由来 |
|---|---|---|
| A | 淀屋橋 | 最初の駅 |
| B | 中之島 | もうひとつの最初の駅 |
| C | 中書島 | Chushojima |
| D | 八幡市 | |
| E | ||
| F | 深草 | Fukakusa |
| G | ||
| H | 枚方市 | Hirakatashi |
| I | ||
| J | ||
| K | 香里園 | Korien |
| L | ||
| M | 守口市 | Moriguchishi |
| N | 寝屋川信号所 | Neyagawa |
| O | ||
| P | ||
| Q | 萱島 | |
| R | 樟葉 | くずはローズタウンよりRose Town |
| S | 三条 | Sanjo |
| T | 天満橋 | Temmabashi |
| U | 宇治 | Uji |
| V | ||
| W | 私市 | 私市を「わたくしし」と読みWatakushishi |
| X | 交野市 | 交→クロス→X |
| Y | 淀 | Yodo |
| Z | 出町柳 | 最後の駅 |
大津線（京津線・石山坂本線）の列車番号は、数字4桁で表される。
数字4桁のうち、上2桁は始発駅を発車する時間帯（10時台なら「10」）を表す。
下2桁は、上りは偶数（00、02、04、……）、下りは奇数（01、03、05、……）となり、同じ“時台”の中での発車順序を表す（例えば、下りで3番目に発車するものは「05」となる）。
浜大津〜四宮の区間列車は、下2桁は30から始める。四宮〜京都市役所前の区間列車は、下2桁は40から始める。
太秦天神川駅を発着する列車は数字4桁の前に英字「C」を置く。
数字4桁のうち、上2桁は始発駅を発車する時間帯（10時台なら「10」）を表す。
十の位は、全線通しの列車は6、近江神宮前以北のみで運転される列車は7、近江神宮前以南のみで運転される列車は8とする。
最後の桁（一の位）は、上りは偶数（0、2、4、……）、下りは奇数（1、3、5、……）となり、同じ“時台”の中での発車順序を表す（例えば、下りで3番目に発車するものは「5」となる）。